قالت الصيدلانية الألمانية كريستين زايتس إن العقاقير الطبية النباتية لا تخلو تماماً من الآثار الجانبية؛ موضحة أن العقاقير المحتوية على الزيوت الطيّارة - مثلاً - يمكن أن تؤدي إلى متاعب بالجهاز الهضمي.

بالإضافة إلى ذلك، يمكن أن تحدث تفاعلات دوائية مع أدوية أخرى، أو تحدث استجابات ناجمة عن فرط الحساسية. 

كما أن المُليّنات المستخلَصَة من نبات الصبار أو أوراق السنا قد تؤدي إلى التعود عليها؛ لذا ينبغي تعاطيها لفترة قصيرة فقط.